На 5 март 1993 година, на полетување од скопскиот аеродром, се урна патнички авион ФОКЕР 100 на компанијата Палер Македонија со 97 патници, а во несреќата загинаа 86 патници.
Осум месеци подоцна, на 22 ноември истата година кај охридскиот аеродром, се случи и втората воздухопловна несреќа. Патнички авион „Јак-42Д“ на Авиоимпекс се урна и однесе во смрт 115 луѓе, а само еден преживеа, кој по 15 дена почина како последица на повредите. Авионот беше на рута од Женева до Скопје каде што требаше да слета, но поради лошите временски услови беше пренасочен во Охрид.
На 18 септември 1995 авион Antonov 2R кој беше ангажиран во гасење пожари се урна во близина на Скопје. Загинаа два члена на екипажот.
На 28 август 2008 година, авион од типот Цесна се урна во месноста Скребатно кај с. Лескоец, во близина на Охрид. Во несреќата загина пилотот и тројца патници во авионот.